José Manuel Cordeiro foi Reitor do Pontifício Colégio Português, em Roma, e Professor de Liturgia no prestigiado Ateneu de Santo Anselmo.

No dia 18 de Julho de 2011 foi nomeado Bispo de Bragança-Miranda, recebendo a Ordenação Episcopal a 2 de outubro de 2011.

Desde 2016 é membro da Congregação para o Culto Divino e a Disciplina dos Sacramentos.

Em 2021 foi nomeado Arcebispo de Braga e Primaz das Espanhas.